林起元,江苏上元县人,清朝官员。
吏员出身,官福建漳州府经历。康熙二十三年(1684年),任福建台湾府经历,隶属于台湾道台湾府,主要从事台湾府府内典簿奏章的收发与校注,也分掌章奏文书。康熙二十五年(1686年)以忧去。