真菌分類系統

真菌分類系統是關於真菌的科學分類法。19世紀至今，各學者對真菌的分類不盡相同，其中最常用的是安斯沃斯在1971年作出的分類系統。

貝西分類系統

1935年，恩斯特·貝西（Ernst Bessey）出版了美國第一本真菌學教科書。1950年，又出版了《真菌的形態和分類》一書，其中包含了他所創的「三綱一類」分類系統。^[1]

菌蟲 Mycetozoa
藻狀菌綱 Phycomyceteae
產子實體真菌類 Capormyceteae
子囊菌綱 Ascomyceteae
- 核菌 Pyrenomycetes
擔子菌綱 Basidomyceteae
- 冬孢亞綱 Teliosporae
- 異擔子亞綱 Heterobasidiae
- 層菌亞綱 Hymenomyceteae
- 腹菌亞綱 Gasteromyceteae
半知菌類 Imperfect Fungi
- 叢梗孢目 Moniliales
- 球殼孢目 Sphaeropsidales
- 黑盤孢目 Melanconiales

馬丁分類系統

喬治·威拉德·馬丁（George Willard Martin）繼承了「三綱一類」的分類系統，並作了細化。^[1]

藻類 Algal group
菌類 Fungal group
- 集胞黏菌目 Acrasiales
- 網黏菌目 Labyrinthulales
- 根腫菌目 Plasmodiophorales
黏菌門 Myxomycetes
真菌門 Eumycetes
- 藻狀菌綱 Phycomycetes
  - 毛菌亞綱 Trichomycetes
  - 卵菌亞綱 Oomycetes
  - 接合菌亞綱 Zygomycetes
子囊菌綱 Ascomycetes
- 半子囊菌亞綱 Hemiascomycetidae
- 真子囊菌亞綱 Euascomycetidae
- 擔子菌綱 Basidiomycetes
  - 異擔子菌亞綱 Heterobasidiomycetes
  - 同擔子菌亞綱 Homobasidiomycetes
- 半知菌類 Fungi Imperfecti

亞歷克索普洛斯分類系統

亞歷克索普洛斯（Alexopoulos）對之前混亂的分類單元名稱進行了規範。其1952年的分類系統沿襲了「三綱一類」的分類系統。而1962年的分類系統開始放棄「三剛一類」的分類系統，將藻狀菌綱分為6綱。^[1]

亞歷克索普洛斯1952年分類系統

黏菌門 Myxomycophyta
- 黏菌綱 Myxomyceteae
根腫菌綱 Plasmodiophoreae
集胞黏菌綱 Acrasieae
真菌門 Eumycophyta
藻狀菌綱 Phycomycetes
- 單鞭毛菌組 Uniflagellatae
- 雙鞭毛菌組 Biflagellatae
- 無鞭毛菌組 Aplanatae
子囊菌綱 Ascomycetes
- 原子囊菌亞綱 Protoascomycetes
- 真子囊菌亞綱 Euascomycetes
  - 不整子囊菌組 Plectoascomycetes
  - 果子囊菌組 Pyenomycetes
  - 盤子囊菌組 Disomycetes
擔子菌綱 Basidiomycetes
- - 半擔子菌亞綱 Hemibasidiomycetes
  - 無隔擔子菌亞綱 Holobasidiomycetes
半知菌類 Deuteromycetes

亞歷克索普洛斯1962年分類系統

真菌門 Mycota
- 黏菌亞門 Myxomycotina
  - 黏菌綱 Myxomycetes
- 真菌亞門 Eumycotina
  - 根腫菌綱 Plasmodiophoromycetes
  - 壺菌綱 Chytridiomycetes
  - 絲壺菌綱 Hyphochytriomycetes
  - 卵菌綱 Oomycetes
  - 接合菌綱 Zygomycetes
  - 毛菌綱 Trichomycetes
  - 子囊菌綱 Ascomycetes
    - 半子囊菌亞綱 Hemiascomycetidae
    - 真子囊菌亞綱 Euascomycetidae
      - 不整子囊菌 Plectomycetes
      - 核菌 Pyrenomycetes
      - 盤菌 Discomycetes
      - 蟲囊菌 Laboulbeniomycetes
    - 腔囊菌亞綱 Loculoascomycetidae
- 擔子菌綱 Basidiomycetes
  - 異擔子菌亞綱 Heterobasidiomycetidae
  - 同擔子菌亞綱 Homobasidiomycetidae
    - - 層菌 Hymenomycetes
      - 腹菌 Gasteromycetes
    - 半知菌綱 Deuteromycetes

亞歷克索普洛斯1979年分類系統

真菌界 Myceteae
- 裸菌門 Gymnomycota
  - 集胞裸菌亞門 Acrasiogymnomycotina
    - 集胞菌綱 Acrasiomycets
  - 原質體裸菌亞門 Plasmodiogymnomycotina
    - 原柄菌綱 Protosteliomycetes
    - 黏菌綱 Myxomycetes
- 鞭毛菌門 Mastigomycota
  - 單鞭毛菌亞門 Haplomastigomycotina
    - 壺菌綱 Chytridiomycetes
    - 絲壺菌綱 Hyphochytridiomycetes
    - 根腫菌綱 Plasmodiophoromycetes
  - 雙鞭毛菌亞門 Diplomastigomycotina
    - 卵菌綱 Oomycetes
- 無鞭毛菌門 Amastigomycota
  - 接合菌亞門 Zygomycotina
    - 接合菌綱 Zygomycetes
    - 毛菌綱 Trichomycetes
  - 子囊菌亞門 Ascomycotina
    - 子囊菌綱 Ascomycetes
      - 半子囊菌亞綱 Hemiascomycetidae
      - 不整子囊菌亞綱 Plectomycetidae
      - 層囊菌亞綱 Hemenoascomycetidae
        核菌 Pyrenomycetes
        
        盤菌 Discomycetes
      - 蟲囊菌亞綱 Laboulbeniomycetidae
      - 腔囊菌亞綱 Loculoascomycetidae
  - 擔子菌亞門 Basidiomycotina
    - 擔子菌綱 Basidiomycetes
      - 無隔擔子菌亞綱 Holobasidiomycetidae
        層擔子菌 Hemenomycetes
        
        腹菌 Gasteromycetes
      - 有隔擔子菌亞綱 Phragmobasidiomycetidae
      - 冬孢菌亞綱 Teliomycetidae
  - 半知菌亞門 Deuteromycotina
    - 半知菌形式綱 Deuteromycetes
      - 芽孢亞綱 Blastomycetidae
      - 絲孢亞綱 Hyphomycetidae
      - 腔孢亞綱 Coelomycetidae

安斯沃斯分類系統

安斯沃斯分類系統採用了五界系統學說，在20世紀七八十年代廣泛使用。安斯沃斯分類系統與亞歷克索普洛斯分類系統較相似，其區別在於建立了3個新亞門，鞭毛菌亞門、接合菌亞門和半知菌亞門，並將子囊菌分為6個綱，半知菌亞門設3個綱。^[1]

真菌界 Fungi
- 黏菌門 Myxomycota
  - 集胞黏菌綱 Acrasiomycetes
  - 黏菌綱 Myxomycetes
  - 水生黏菌綱 Hydromyxomycetes
  - 根腫菌綱 Plasmodiophoromyecetes
- 真菌門 Eumycota
  - 鞭毛菌亞門 Mastigomycotina
    - 壺菌綱 Chytridiomycetes
    - 絲壺菌綱 Hyphochytridiomycetes
    - 卵菌綱 Oomycetes
  - 接合菌亞門 Zygomycotina
    - 接合菌綱 Zygomycetes
    - 毛菌綱 Trichomycetes
  - 子囊菌亞門 Ascomycotina
    - 半子囊菌綱 Hemiascomycetes
    - 不整子囊菌綱 Plectomycetes
    - 核菌綱 Pyrenomycetes
    - 盤菌綱 Discomycetes
    - 蟲囊菌綱 Laboulbeniomycetes
    - 腔囊菌綱 Loculoascomycetes
  - 擔子菌亞門 Basidiomycotina
    - 冬孢菌綱 Teliomycetes
    - 層菌綱 Hymenomycetes
      - 隔擔子菌亞綱 Phragmobasidiomycetidae
      - 無隔擔子菌亞綱 Holobasidiomycetidae
    - 腹菌綱 Gasteromycetes
  - 半知菌亞門 Deuteromycotina
    - 芽孢綱 Blastomycetes
    - 絲孢綱 Hyphomycetes
    - 腔孢綱 Coelomycetes

卡弗利爾-史密斯分類系統

卡弗利爾-史密斯分類系統是最早體現出真菌是多界演化的分類系統之一。其將半知菌歸入到其有性階段的分類單元中。^[1]

原生動物界 Protozoa
- 菌蟲 Mycetozoa
藻界 Chromista
- 具長短鞭毛門 Heterokonta
真菌界 Fungi
- 古真菌門 Archemycota
  - 壺菌綱 Chytridiomycetes
  - 毛菌綱 Trichomycetes
  - 接合菌綱 Zygomycetes
- 子囊菌門 Ascomycota
- 擔子菌門 Basidiomycota

巴爾分類系統

唐納德·J·S·巴爾（Donald J. S. Barr）1992年提出了巴爾分類系統。^[1]

原生動物界 Protozoa
- 黏菌門 Myxomycota
- 根腫菌門 Plasmodiophoromycota
藻界 Chromista
- 具長短鞭毛門 Heterokonta
  - 假菌亞門 Pseudomycotina
    - 卵菌綱 Oomycetes
    - 絲壺菌綱 Hyphochytridiomycetes
  - 網黏菌亞門 Labyrinthitina
    - 網黏菌綱 Labyrinthiomycetes
真菌界 Fungi
- 壺菌門 Chytridiomycota
- 接合菌門 Zygomycota
- 子囊菌門 Ascomycota
- 擔子菌門 Basidiomycota

《真菌詞典》第9版分類系統

2001年出版的《真菌詞典》第9版分類系統，根據rDNA測序等技術對第8版分類系統進行了修訂。將子囊菌門分成6個綱，55個目，291個科；擔子菌門原有的32個目合併為16個目；擔子菌類酵母菌劃分到3個不同類群中。^[1]

原生動物界 Protozoa
- 黏菌門 Myxomycota
  - 網柱黏菌綱 Dictyosteliomycetes
  - 黏菌綱 Myxomycetes
  - 原柱黏菌綱 Protosteliomycetes
- 根腫菌門 Plasmodiophoromycota
  - 根腫菌綱 Plasmodiophoromycetes
藻界 Chromista
- 絲壺菌門 Hyphochytriomycota
  - 絲壺菌綱 Hyphochytridiomycetes
- 網黏菌門 Labyrinthumycota
  - 網黏菌綱 Labyrinthumycetes
- 卵菌門 Oomycota
  - 卵菌綱 Oomycetes
真菌界 Fungi
- 壺菌門 Chytridiomycota
  - 壺菌綱 Chytridiomycetes
  - 尾體菌綱 Rumpomycetes
- 接合菌門 Zygomycota
  - 接合菌綱 Zygomycetes
  - 毛菌綱 Trichomycetes
- 子囊菌門 Ascomycota
  - 子囊菌綱 Ascomycetes
  - 新床菌綱 Neolectomycetes
  - 肺炎菌綱 Pneumocyctidomycetes
  - 酵母菌綱 Saccharomycetes
  - 裂殖酵母菌綱 Schizosaccharomycetes
  - 外囊菌綱 Taphrinomycetes
- 擔子菌門 Basidiomycota
  - 擔子菌綱 Basidiomycetes
  - 鏽菌綱 Urediniomycetes
  - 黑粉菌綱 Ustilaginomycetes

《真菌詞典》第10版分類系統

2008年出版的《真菌詞典》第10版分類系統，對第9版的分類系統做了很大的調整，收錄了2001年～2008年之間的研究成果。該版將真菌界劃分7個門，底下分36綱、140目、560科、8283屬、97861種^[2]：

真菌界 Fungi
- 壺菌門 Chytridiomycota
  - ~~尾體菌綱 Rumpomycetes~~
  - 壺菌綱 Chytridiomycetes
  - 單毛壺菌綱 Monoblepharidomycetes（新）
- 芽枝霉門 Blastocladiomycota（新）
  - 芽枝霉綱 Blastocladiomycetes（新）
- 新美鞭菌門 Neocallimastigomycota（新）
  - 新美鞭菌綱 Neocallimastigomycetes（新）
- 球囊菌門 Glomeromycota（新）
  - 球囊菌綱 Glomeromycetes（新）
- 接合菌門 Zygomycota
  - ~~毛菌綱 Trichomycetes~~
  - 接合菌綱 Zygomycetes
  - 地位未定 Incertae sedis（亞界）
    - 蟲黴菌亞門 Entomophthoromycotina
    - 梳霉亞門^[3] Kickxellomycotina
    - 毛黴菌亞門 Mucoromycotina
    - 捕蟲黴菌亞門 Zoopagomycotina
- 子囊菌門 Ascomycota
  - ~~子囊菌綱 Ascomycetes~~
  - 盤菌亞門 Pezizomycotina（=子囊菌亞門 Ascomycotina）
    - 星裂菌綱 Arthoniomycetes（新）
    - 座囊菌綱 Dothideomycetes（新）
    - 散囊菌綱 Eurotiomycetes（新）
    - 蟲囊菌綱 Laboulbeniomycetes（新）
    - 茶漬菌綱 Lecanoromycetes（新）
    - 錘舌菌綱 Leotiomycetes（新）
    - 異極菌綱 Lichinomycetes（新）
    - 圓盤菌綱 Orbiliomycetes（新）
    - 盤菌綱 Pezizomycetes（新）
    - 糞殼菌綱 Sordariomycetes（新）
  - 酵母菌亞門 Saccharomycotina
    - 酵母菌綱 Saccharomycetes
  - 外囊菌亞門 Taphrinomycotina
    - 新床菌綱 Neolectomycetes（又譯無絲盤菌綱^[4]）
    - 肺炎菌綱 Pneumocystidomycetes
    - 裂殖酵母菌綱 Schizosaccharomycetes
    - 外囊菌綱 Taphrinomycetes
- 擔子菌門 Basidiomycota
  - ~~擔子菌綱 Basidiomycetes~~
  - ~~鏽菌綱 Urediniomycetes~~
  - 傘菌亞門 Agaricomycotina
    - 傘菌綱 Agaricomycetes（新）
    - 花耳綱 Dacrymycetes（新）
    - 銀耳綱 Tremellomycetes（新）
  - 柄鏽菌亞門 Pucciniomycotina
    - 傘型束梗孢菌綱 Agaricostilbomycetes（新）
    - 小紡錘菌綱 Atractiellomycetes（新）
    - Classiculomycetes Classiculomycetes（新）
    - 隱菌寄生菌綱 Cryptomycocolacomyctes（新）
    - 囊擔子菌綱 Cystobasidiomycetes（新）
    - 小葡萄菌綱 Microbotryomycetes（新）
    - 混合菌綱 Mixiomycetes（新）
    - 柄鏽菌綱 Pucciniomycetes（新）
  - 黑粉菌亞門 Ustilaginomycotina（新）
    - 黑粉菌綱 Ustilaginomycetes
  - 地位未定 Incertae sedis（亞門）
    - 節擔菌綱 Wallemiomycetes（新）

後來加入的新分類

真菌界 Fungi
- 子囊菌門 Ascomycota
  - 盤菌亞門 Pezizomycotina（=子囊菌亞門 Ascomycotina）
    - 地舌菌綱 Geoglossomycetes^[5]（參自地舌菌科 Geoglossaceae，譯名待查）
  - 黑粉菌亞門 Ustilaginomycotina
    - 根腫黑粉菌綱^[3] Entorrhizomycetes^[6]
    - 外擔子菌綱^[3] Exobasidiomycetes^[7]

參見

真菌分類表（待更新）

參考文獻

^ ^1.0 ^1.1 ^1.2 ^1.3 ^1.4 ^1.5 ^1.6 賀運春. 真菌学. : 65–71.
^ 賀新生. 〈《菌物字典》第10版菌物分類新系統簡介〉. 《中國食用菌》. 2009, 28 (6): 頁59-61.
^ ^3.0 ^3.1 ^3.2 王征、戴玉成. 〈真菌生命之樹項目(Assembling the Fungal Tree of Life)和美國真菌系統學研究現狀〉. 《菌物學報》. 2009, 28 (6): 頁878-887.
^ 陳今朝、圖力古爾. 〈無絲盤菌屬——中國無絲盤菌綱一新記錄屬〉. 《菌物學報》. 2009, 28 (6): 頁857-859.
^ Schoch CL, Wang Z, Townsend JP, Spatafora JW, 2009. Geoglossomycetes cl. nov., Geoglossales ord. nov. and taxa above class rank in the Ascomycota Tree of Life. Persoonia 22, 129-138.[1] （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）
^ Begerow D, Stoll M, Bauer R. A phylogenetic hypothesis of Ustilaginomycotina based on multiple gene analyses and morphological data. Mycologia. 2006, 98 (6): 906–16. PMID 17486967. doi:10.3852/mycologia.98.6.906.
^ Begerow D, Stoll M, Bauer R. A phylogenetic hypothesis of Ustilaginomycotina based upon multiple gene analyses and morphological data. Mycologia. 2007, 98 (6): 906–16. PMID 17486967. doi:10.3852/mycologia.98.6.906.

[zjx-1] 1.0 ^1.1 ^1.2 ^1.3 ^1.4 ^1.5 ^1.6 賀運春. 真菌学. : 65–71.

[hxs-2] 賀新生. 〈《菌物字典》第10版菌物分類新系統簡介〉. 《中國食用菌》. 2009, 28 (6): 頁59-61.

[wangdai-3] 3.0 ^3.1 ^3.2 王征、戴玉成. 〈真菌生命之樹項目(Assembling the Fungal Tree of Life)和美國真菌系統學研究現狀〉. 《菌物學報》. 2009, 28 (6): 頁878-887.

[chentu-4] 陳今朝、圖力古爾. 〈無絲盤菌屬——中國無絲盤菌綱一新記錄屬〉. 《菌物學報》. 2009, 28 (6): 頁857-859.

[5] Schoch CL, Wang Z, Townsend JP, Spatafora JW, 2009. Geoglossomycetes cl. nov., Geoglossales ord. nov. and taxa above class rank in the Ascomycota Tree of Life. Persoonia 22, 129-138.[1] （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）

[6] Begerow D, Stoll M, Bauer R. A phylogenetic hypothesis of Ustilaginomycotina based on multiple gene analyses and morphological data. Mycologia. 2006, 98 (6): 906–16. PMID 17486967. doi:10.3852/mycologia.98.6.906.

[Begerow2006-7] Begerow D, Stoll M, Bauer R. A phylogenetic hypothesis of Ustilaginomycotina based upon multiple gene analyses and morphological data. Mycologia. 2007, 98 (6): 906–16. PMID 17486967. doi:10.3852/mycologia.98.6.906.

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