嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型Gamma變異株

SARS-CoV-2 变异株
Gamma
	科学上准确的SARS-CoV-2的外部结构的原子模型。每个“球”都是一个原子。
一般细节
世卫组织指称	Gamma
其它名称	20J/501Y.V3、高关注变异株-202101/02（VOC-202101/02）、巴西变种病毒
谱系	P.1
首次检测到	日本东京
报告日期	2021年1月6日，3年前
地位	需要关注的变异株（英语：Variant of concern）
病例地图
	2021年4月21日時點各國P.1譜系病例總數; 圖示：超過1000個確診個案 500–999個確診個案 100–499個確診個案 2–99個確診個案 1個確診個案無確診個案或無數據
主要变异株
	Alpha (B.1.1.7); Beta (B.1.351); Gamma (P.1); Delta (B.1.617.2); Omicron (B.1.1.529) BA.1 (B.1.1.529.1); BA.2 (B.1.1.529.2); BA.3 (B.1.1.529.3); BA.4 (B.1.1.529.4); BA.5 (B.1.1.529.5);
	查; 论; 编;

嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型-Gamma變異株（英語：SARS-CoV-2 Gamma variant），別名P.1譜系（英語：Lineage P.1）^[a] ，是嚴重急性呼吸綜合症冠狀病毒2型（SARS-CoV-2）的一種變異株，於2021年1月6日首次在日本東京發現^[4]^[8]。依據世界衛生組織命名法，P.1譜系被命名為Gamma變異株，目前Gamma變異株被列為「高關注變異株」（VOC）^[9]。

Gamma變異株一共有17種氨基酸變化，其中10種發生在刺突蛋白，包括了3種特別引起關注的突變：「N501Y」、「E484K」和「K417T」^[4]^[10]。

Gamma變異株和在巴西傳播的另一種變異株：Zeta變異株（P.2譜系）有顯著的差異，Zeta變異株只攜帶「E484K」突變，並無其他兩種突變：「N501Y」和「K417T」^[11]^[10]。

歷史

2021年1月6日，日本國立感染症研究所從四位抵達東京的旅客中檢測出Gamma變異株，他們都曾去過巴西亞馬遜州^[4]^[8]。Gamma變異株是造成2021年初2019冠狀病毒病病例在亞馬遜州首府瑪瑙斯快速增加的原因之一。

2021年1月12日，巴西－英國CADDE中心在瑪瑙斯確認13例P.1譜系病例^[4]。在2020年3月至11月期間從瑪瑙斯收集的27份樣本中沒有發現P.1譜系，然而在2020年12月15日至23日期間從同城收集到的樣本中P.1譜系占42%（n=13/31），接著在2020年12月15日至31日期間收集的樣本中P.1譜系占52.2%（n=35/67），在2021年1月1日至9日期間收集的樣本中P.1譜系更達到了85.4%（n=41/48）。從2020年12月下旬到2021年1月9日期間，P.2譜系（Zeta變異株）迅速被P.1譜系取代，瑪瑙斯P.2譜系所占比重由25.4%急劇下降到6.3%^[4]^[12]。

奧斯瓦爾多·克魯茲基金會研究人員對亞馬遜州250份基因組樣本進行了研究，他們發現相比B.1.1.28譜系和B.1.195譜系病例，P.1譜系感染可以產生大約10倍的病毒載量，傳播力為2.2倍。P.1譜系對於18歲到59歲人群和60歲以上的老年人群具有同等的傳播力，顯示P.1譜系更易在年輕人之間傳播，無性別差異^[13]。

CADDE中心的研究顯示P.1譜系傳播力比以往的變異株高兩倍，而且可以避開大約32%的獲得性免疫（比如先前感染冠狀病毒），引發再次感染的可能性。P.1譜系的病死率比以往的變異株高1.5倍^[14]^[15]^[16]。

病例統計

各國P.1譜系病例（截至2021年8月9日） GISAID^[17]
國家或地區	病例數	日期
美国	23,373	2021年6月29日
巴西	16,200	2021年6月13日
加拿大	8,070	2021年7月5日
比利时	1,974	2021年7月1日
墨西哥	2,278	2021年6月24日
智利	2,522	2021年6月13日
西班牙	957	2021年6月26日
義大利	2,181	2021年6月29日
荷蘭	566	2021年6月17日
哥伦比亚	346	2021年6月1日
德国	806	2021年6月22日
法國	577	2021年6月23日
千里達及托巴哥	255	2021年6月15日
阿根廷	329	2021年5月12日
法属圭亚那	318	2021年6月11日
英国	224	2021年6月23日
葡萄牙	190	2021年6月23日
乌拉圭	173	2021年4月15日
瑞士	187	2021年6月21日
阿鲁巴	121	2021年6月20日
日本	118	2021年6月13日
苏里南	117	2021年5月25日
瑞典	141	2021年6月14日
巴拉圭	54	2021年5月4日
丹麦	63	2021年6月29日
海地	47	2021年5月20日
盧森堡	2	2021年4月19日
芬兰	7	2021年5月23日
孟加拉国	1	2021年2月18日
巴巴多斯	3	2021年5月22日
开曼群岛	1	2021年6月17日
法罗群岛	1	2021年1月12日
關島	1	2021年4月30日
圭亚那	3	2021年1月18日
菲律賓	2	2021年2月21日
波多黎各	1	2021年6月9日
哥斯达黎加	69	2021年6月29日
厄瓜多尔	145	2021年7月21日
土耳其	88	2021年6月29日
秘魯	42	2021年6月14日
多米尼加	38	2021年6月10日
馬爾他	32	2021年6月22日
愛爾蘭	29	2021年6月21日
奥地利	28	2021年6月18日
波蘭	24	2021年7月14日
捷克	20	2021年6月22日
以色列	19	2021年7月6日
玻利维亚	17	2021年6月2日
委內瑞拉	17	2021年5月26日
库拉索	14	2021年6月24日
羅馬尼亞	12	2021年6月12日
韩国	10	2021年7月3日
挪威	9	2021年7月1日
澳大利亞	8	2021年4月25日
新加坡	8	2021年6月11日
斯洛維尼亞	7	2021年6月4日
新西兰	7	2021年5月31日
克罗地亚	6	2021年6月29日
立陶宛	6	2021年6月30日
约旦	5	2021年4月28日
臺灣	4	2021年1月28日
印度	3	2021年5月12日
波黑	3	2021年7月5日
中國	2	2021年4月17日
巴基斯坦	1	2021年5月17日
安哥拉	1	2021年3月22日
拉脫維亞	1	2021年4月1日
泰國	1	2021年4月5日
俄羅斯	1	2021年5月21日
希腊	1	2021年5月14日
博奈尔	1	2021年7月7日
世界（71國/地區）	總數：63,769	截至2021年8月9日

變異

Gamma變異株的氨基酸突變（在SARS-CoV-2的基因組上作圖）^[18]

Gamma變異株包括兩個子變異株：「28-AM-1」和「28-AM-2」，它們都帶有「K417T」、「E484K」和「N501Y」突變。

Gamma變異株有10種刺突蛋白突變，包含了N501Y和E484K。

Gamma變異株變異特徵
基因編號	氨基酸
ORF1ab	synT733C
	synC2749T
	S1188L
	K1795Q
	del11288-11296 (3675-3677 SGF)
	synC12778T
	synC13860T
	E5665D
刺突蛋白	L18F
	T20N
	P26S
	D138Y
	R190S
	K417T
	E484K
	N501Y
	H 655Y
	T1027I
ORF8	E92K
ORF8	ins28269-28273
N	P80R
來源：Faria et al. (2021)，圖 1.B

參見

嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型變異株

註釋

^ 其他名稱包括：
– 20J/501Y.V3
– 高關注變異株-202101/02（VOC-202101/02）^[1]
– 巴西變種病毒（Brazilian variant、Brazil variant）^[6]^[7]^[4]

参考文献

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外部連結

PANGO lineages （页面存档备份，存于互联网档案馆）（英文）

[8] 其他名稱包括：
– 20J/501Y.V3
– 高關注變異株-202101/02（VOC-202101/02）^[1]
– 巴西變種病毒（Brazilian variant、Brazil variant）^[6]^[7]^[4]

[UK-VOC-1] 1.0 ^1.1 Public Health England. Variants: distribution of cases data. GOV.UK. 27 February 2021 [2021-02-27]. （原始内容存档于2021-06-07）（英语）.

[bbc.com-2] Covid-19: Brazil virus already in UK 'not variant of concern', scientist says. www.bbc.com. 15 January 2021 [15 January 2021]. （原始内容存档于2021-11-14）.

[news.sky.com-3] COVID-19: Virologist says Brazilian coronavirus variant detected in UK is not the one 'of concern'. news.sky.com. 15 January 2021 [15 January 2021]. （原始内容存档于2021-11-14）.

[:0-4] 4.0 ^4.1 ^4.2 ^4.3 ^4.4 ^4.5 ^4.6 Faria, Nuno R.; Claro, Ingra Morales. Genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in Manaus: preliminary findings. Virological. 2021-01-12 [2021-01-23]. （原始内容存档于2021-05-20）（英语）.

[5] Lineage P.1. cov-lineages.org. [2021-04-21].

[6] Covid-19: Brazil virus already in UK 'not variant of concern', scientist says. www.bbc.com. 2021-01-15 [2021-01-15]. （原始内容存档于2021-11-14）.

[7] COVID-19: Virologist says Brazilian coronavirus variant detected in UK is not the one 'of concern'. 天空新聞台. 2021-01-15 [2021-01-15]. （原始内容存档于2021-11-14）.

[japantoday2101-9] 8.0 ^8.1 Japan finds new coronavirus variant in travelers from Brazil. Japan Today (日本). 2021-01-11 [2021-01-14]. （原始内容存档于2021-01-11）.

[10] Tracking SARS-CoV-2 variants. www.who.int. [2021-06-01]. （原始内容存档于2021-06-09）（英语）.

[C1b-11] 10.0 ^10.1 Covid-19 Genomics UK Consortium. COG-UK Report on SARS-CoV-2 Spike mutations of interest in the UK (PDF). www.cogconsortium.uk. 2021-01-15 [2021-01-25]. （原始内容存档 (PDF)于2021-04-16）.

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[13] Danner, Chas. What We Know About the New P.1 Strain of the Coronavirus. nymag.com. 2021-01-25 [2021-01-28]. （原始内容存档于2021-11-30）.

[14] Nascimento, Valdinete; Souza, Victor. COVID-19 epidemic in the Brazilian state of Amazonas was driven by long-term persistence of endemic SARS-CoV-2 lineages and the recent emergence of the new Variant of Concern P.1. Research Square. 2021-02-25 [2021-03-02]. doi:10.21203/rs.3.rs-275494/v1. （原始内容存档于2021-03-01）.

[NYT-20210303-15] Andreoni, Manuela; Londoño, Ernesto; Casado, Leticia. Brazil's Covid Crisis Is a Warning to the Whole World, Scientists Say - Brazil is seeing a record number of deaths, and the spread of a more contagious coronavirus variant that may cause reinfection.. 纽约时报. 2021-03-03 [2021-03-03]. （原始内容存档于2021-03-03）.

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[CovLineages1Jul-18] GISAID - hCov19 Variants. www.gisaid.org. [2021-08-09]. （原始内容存档于2021-06-23）.

[19] Spike Variants: Gamma variant, aka P.1, B.1.1.28.1, 20J/501Y.V3 variant, and K417T/E484K/N501Y. covdb.stanford.edu. [2021-11-29]. （原始内容存档于2021-06-30）（英语）.

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