RmYN02病毒
RmYN02病毒
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病毒分类 
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| （未分级）： | 病毒 Virus |
| 域： | 核糖病毒域 Riboviria |
| 界： | 正核糖病毒界 Orthornavirae |
| 门： | 小核糖病毒门 Pisuviricota |
| 纲： | 小南嵌套病毒纲 Pisoniviricetes |
| 目： | 套式病毒目 Nidovirales |
| 科： | 冠状病毒科 Coronaviridae |
| 属： | 乙型冠状病毒属 Betacoronavirus |
| 亚属： | SARS乙型冠状病毒亚属 Sarbecovirus |
| 种： | 严重急性呼吸道综合征相关冠状病毒 SARSr-CoV
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| 毒株： | RmYN02病毒 RmYN02
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RmYN02病毒（BetaCoV/Rm/Yunnan/YN02/2019）是严重急性呼吸道综合征相关冠状病毒（SARSr-CoV）的一个病毒株，于2019年在中国云南马来亚菊头蝠的粪便样本中发现，并于次年（2020年）发表。此病毒与造成2019冠状病毒病疫情的严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）亲缘关系接近，两者全基因组的核酸序列相似度为93.3%[1]，是已知与SARS-CoV-2相似度次高的病毒，仅次于RaTG13病毒的96.2%[2]。
研究历史
[编辑]2019年5月至10月，研究人员在中国云南省勐腊县采集了302件蝙蝠皮膜与粪便标本[注 1]，将样本分组后，以一种已知的SARSr-CoV病毒Cp/Yunnan2011（JX993988）为参考序列，将样本进行次世代元基因组测序，发现样本中含有两个新病毒株的基因组，以其宿主学名（Rhinolophus malayanus）、采集地点（云南）与时间（2019年）命名为BetaCoV/Rm/Yunnan/YN01/2019与BetaCoV/Rm/Yunnan/YN02/2019，分别简称为RmYN01与RmYN02。RmYN01为23395nt的不完整序列，RmYN02则为29671nt的完整序列[1]。
与SARS-CoV-2的比较
[编辑]RmYN02病毒与严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）的全基因组核酸序列相似度为93.3%[注 2]，稍低于RaTG13病毒与SARS-CoV-2的相似度96.2%。RmYN02病毒与SARS-CoV-2基因组的多数区域相似度均高于96%，两者复制酶1ab的核酸序列相似度为97.2%，是已知复制酶与SARS-CoV-2最相似的病毒。但两病毒刺突蛋白（S）基因的核酸和氨基酸序列相似度分别只有71.8%与72.9%，其中与宿主细胞受体血管紧张素转化酶2（ACE2）结合的受体结合结构域（receptor binding domain, RBD）氨基酸序列相似度仅有62.4%。相较之下，RaTG13和SARS-CoV-2刺突蛋白核酸与氨基酸的相似度分别为92.9%与97.4%[1]。
和SARS-CoV、SARS-CoV-2、RaTG13与穿山甲冠状病毒相较之下，RmYN02病毒的RBD有两段序列缺失，可能会影响其与宿主细胞受体ACE2的结合能力。而SARS-CoV-2的RBD中与ACE2结合所需的6个关键氨基酸中[注 3]，RmYN02与RaTG13皆只有一个位点和SARS-CoV-2的相同，2019年发现的穿山甲冠状病毒（pangolin/GD/2019）和SARS-CoV-2全基因组序列的相似度虽较低，但两者RBD的氨基酸序列相似度高达97.4%，且6个关键位点的氨基酸均与SARS-CoV-2相同[1]。
SARS-CoV-2的刺突蛋白S1、S2次单元间有一脯胺酸-精胺酸-精胺酸-丙胺酸（PRRA）的插入序列，不见于类似的病毒中，此序列可被弗林蛋白酶切割而增加感染效率，有观点认为此插入不寻常，可能显示SARS-CoV-2是人工于实验室中制造的产物，而非自然产生。RmYN02病毒在该区有一脯胺酸-丙胺酸-丙胺酸（PAA）的插入序列，是相关病毒中除SARS-CoV-2外唯一具有插入序列者，虽序列与其不同，应是独立演化而来，但该序列的存在显示此类插入序列可在野外自然发生[1][4]。
以病毒全基因组序列绘制的系统发生树显示RmYN02与SARS-CoV-2的关系最接近，共同组成一个演化支；以复制酶序列绘制的系统发生树中RmYN02和RaTG13为一演化支；以S基因与RBD序列绘制的系统发生树中RmYN02与SARS-CoV-2的关系则较远。这些病毒中各区域序列的相似度不一致，显示它们可能曾发生基因重组[1]。
演化树
[编辑]SARS-CoV-2与相关病毒株的系统发生树[5][6] :
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SARS-CoV 79% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
注脚
[编辑]参考文献
[编辑]- ^ 1.0 1.1 1.2 1.3 1.4 1.5 1.6 1.7 1.8 Zhou, Hong; Chen, Xing; Hu, Tao; Li, Juan; Song, Hao; Liu, Yanran; Wang, Peihan; Liu, Di; Yang, Jing; Holmes, Edward C.; Hughes, Alice C.; Bi, Yuhai; Shi, Weifeng. A Novel Bat Coronavirus Closely Related to SARS-CoV-2 Contains Natural Insertions at the S1/S2 Cleavage Site of the Spike Protein. Current Biology. 2020, 30 (11): 2196–2203.e3. ISSN 0960-9822. doi:10.1016/j.cub.2020.05.023.
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